Hydrografia: Cały obszar parku leży w dorzeczu Niemna. Największymi rzekami są Czarna Hańcza i Szeszupa. Czarna Hańcza płynie wąską i głęboką doliną. Ma bystry i wartki nurt - ze względu na duży spadek terenu. Szeszupa natomiast płynie spokojnie rozległą doliną.
Tak jak wielość form geologicznych w Parku, tak też niezwykła różnorodność elementów hydrograficznych: cieki okresowe i epizodyczne, jeziora, oczka wodne, źródełka, wysięki i wycieki z wód podziemnych. Udokumentowano istnienie na tym terenie aż 109 źródeł. Najwięcej z nich występuje w zlewni rzeki Szeszupy. Wiele jest także terenów bezodpływowych. Ich trudno przepuszczalne podłoże jest przyczyną powstawania mokradeł i oczek wodnych.
Jeziora Suwalkiego Parku Krajobrazowego zachowały charakter jezior oligo-mezotroficznych i mezotroficznych. Do jezior o najniższym stopniu eutrofizacji należą: Hańcza, Szurpiły i Jaczno. Niedostatek substancji pokarmowych w tych jeziorach nie pozwalają na rozwinięcie się w ich wodach bujnej roślinności wodnej.

Flora: Tylko niewielkie fragmenty Parku są pokryte lasami (26%) o naturalnym charakterze. Dominują drzewostany w wielu 20-40 lat - powstałe po II wojnie światowej. Lasy zniknęły wwyniku intensywnej kolonizacji od XVI wieku. Lasy występują z reguły na wyniesieniach i w pobliżu jezior - stąd krajobraz o charakterze lesisto-jeziornym. Najbardziej rozpowszechnione są lasy o charakterze mieszanym z bogatym runem.
Znaczną powierzchnię Parku zajmują łąki. Występują głównie wokół jezior i wzdłuż rzek i strumieni, zboczach i obniżeniach dolin. Zwykle są to biocenozy o charakterze wtórnym - zastępującym zniszczone lasy.
Na zboczach wzgórz i wysoczyzn występuje roślinność ciepłolubna m.in.: dzurawiec czteroboczny, chaber nadreński, ostrożeń krótkołodygowaty.

Fauna: Z powodu dużej ilości obszarów rolniczych, łąk i niewielkich obszarów leśnych liczne są tu drobne ssaki. Tereny te zamieszkuje głównie: tchórz zwyczajny, norks amerykańsks, gronostaj, łasics, mysz polns, nornik bury, borsuk, badylarka, wydra oraz bóbr europejski. Do większych ssaków należy tu jedynie dzik i sarna. Sporadycznie można również zobaczyc: łosia i jelenie - głównie podczas wędrówek z dużych kompleksów leśnych.

Na terenie parku istnieją trzy rezerwaty przyrody: - Jezioro Hańcza, Głazowisko Łopuchowo oraz Głazowisko Bachanowo nad Czarną Hańczą. Planuje się natomiast objęciem ochroną - jeziora Jaczna i torfowisk wiszących, ozu Turtulsko-bachanowskiego oraz Rutki.

Zabytki: Najciekawszym obiektem archeologicznym jest kompleks osadniczo - obronny na gruntach wsi Szurpiły zwany popularnie "Górą Zamkową". Obejmuje on swym zasięgiem grodzisko - Górę Zamkową, niewielki gródek na "Górze Kościelnej", dwa cmentarze kurhanowe II-V w. n.e. , wczesnośredniowieczny cmentarz całopalny na "Górze Cmentarnej" oraz osiedle obronne z wczesnej epoki żelaza w Wodziłkach.
W Starej Hańczy nad jeziorem Hańcza, w zaniedbanym i zdziczałym parku znajdują się ruiny zabytkowego dworu z XIX wieku.